Den Chor des Jungen Ensemble Berlin leitete Frank Markowitsch von 1998 bis 2016. Unter seiner Leitung realisierte das Ensemble viele Projekte mit gesellschaftspolitischem Bezug und kooperierte mit Institutionen aus anderen Disziplinen. Regelmäßig vergab das Junge Ensemble Berlin Kompositionsaufträge, führte neue Werke auf und arbeitete mit international gefeierten Solisten wie Annette Dasch, Maria Bengtsson und Anna Prohaska sowie Schauspielern wie Devid Striesow und Irm Hermann zusammen. Die CD-Einspielung mit Arthur Honeggers „König David“ erhielt fantastische Kritiken. Anlässlich des 70. Jahrestages des Endes des 2. Weltkrieges führte das Junge Ensemble Berlin Brittens „War Requiem“ auf erarbeitete in einem Kooperationsprojekt mit Berliner Schulen eine Videocollage. Nach dem Ruf als Professor an die Musikhochschule Freiburg gab Frank Markowitsch die Leitung des Ensembles 2016 ab.
Die Sängerinnen und Sänger des Jungen Ensembles Berlin verabschiedeten ihn mit einer Würdigung seiner Arbeit als musikalischer Leiter des Chores.
